Ressources en relation avec la biologie

   

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Ressources en relation avec la fonction rénale
 
Contact Covid et Sidep
 
Projet Tersan
 
Laboé-SI
 
Ressources en relation avec NCBI
 
IA pour mise au point de médicaments
 
DDI-Predictor is a website dedicated to quantitative prediction of the impact on drug exposure of drug-drug interactions mediated by cytochromes P450 3A4, 2D6, 2C9, 2C19 and 1A2, as well as genetic polymorphism of these cytochromes, the combined effect of drug interaction and cytochrome polymorphism, cirrhosis, and drug-drug interactions in cirrhotic patients.
 
Bioloinc.fr (consortium APHP, Vidal, Mondeca)
« Consultation du jeu de valeurs LOINC biologie
Consultation des alignements de LOINC biologie avec la NABM
Demande de créations et de corrections »
Référentiel des actes innovants hors nomenclature de biologie et d’anatomocytopathologie (RIHN), août 2015
 
Tests Covid-19
Guider votre choix parmi les 324 tests Covid-19 du marché
 
Fusion des cadres d’interopérabilité pour la biologie médicale et l’anatomo-pathologie
 
Décret 2016-46 du 26 janvier 2016 relatif à la biologie médicale
 
IVD Industry Connectivity Consortium : « global, nonprofit organization dedicated to creating and encouraging adoption of a unified connectivity standard to reduce the cost and variability of data exchange between IVD devices and healthcare informatics in clinical laboratories »
 
Arrêté du 3 avril 2017 déterminant les éléments cliniques et chronologiques à renseigner pour le diagnostic de la maladie à virus Zika
 
Arrêté du 1er août 2016 déterminant la liste des tests, recueils et traitements de signaux biologiques qui ne constituent pas un examen de biologie médicale, les catégories de personnes pouvant les réaliser...
 
Décret du 12 septembre 2016 relatif aux conditions selon lesquelles sont signalés les incidents graves de sécurité des systèmes d’information
 
i2b2 : Informatics for Integrating Biology and the Bedside
 
PatientView « Information comes directly from existing records, for example hospital and GP records, or may be entered directly or via other apps...»
 
Terr-eSanté, « une solution numérique régionale pour échanger et partager l’information afin d’améliorer la coordination des parcours de soins » (ARS IdF)
 
Mise sur le marché des dispositifs médicaux et dispositifs médicaux de diagnostic in vitro : Logiciels et applications mobiles en santé
 
La Health Tech européenne s’invite à Bruxelles
L’Usine Digitale, le 11/9/2019
 
Délibération CNIL du 12 septembre 2019 portant adoption de la liste des types d’opérations de traitement pour lesquelles une analyse d’impact relative à la protection des données n’est pas requise
Parmi la « liste des types d’opérations de traitement pour lesquelles une analyse d’impact relative à la protection des données n’est pas requise »
je note :
« Traitements de données de santé nécessaires à la prise en charge d’un patient par un professionnel de santé exerçant à titre individuel au sein d’un cabinet médical, d’une officine de pharmacie ou d’un laboratoire de biologie médicale »
Spécification technique d’interconnexion avec SIDEP
 
Arrêté du 26 avril 2022 fixant la liste des documents soumis à l’obligation prévue à l’article L. 1111-15 du code de la santé publique
Extension de la liste des documents devant être versés au DMP :
- compte rendu des examens de biologie médicale
- compte rendu des examens radiodiagnostiques (hors compte rendu produit dans le cadre d’un séjour hospitalier)
- prescription de produits de santé
- compte rendu opératoire
- prescription d’examen de biologie médicale (pour les actes ayant vocation à être pratiqués hors séjour hospitalier)
- demande d’examen de radiologie (pour les actes ayant vocation à être pratiqués hors séjour hospitalier)
- autres certificats et déclarations
- lettres et courriers adressés à un professionnel de santé (hors séjour hospitalier)
 
Données de vente des tests antigéniques (TRA) covid vendus en pharmacie
« Les tests antigéniques en pharmacie consistent en un prélèvement nasopharingé (acte de prélèvement) puis un test de diagnostic rapide. Dans cette page, on décompte aussi les ventes de ces tests lors de l’utilisation en officine ou lors de la rétrocession aux professionnels de santé. Ces données sont extrapolées à partir d’un panel de 14000 pharmacies.»
Iqvia
 
Order Catalog Implementation Guide
 
Une cyberattaque peut donner naissance à de nouveaux virus et toxines
Sécurité : Des chercheurs israéliens mettent en évidence les dangers potentiels des nouvelles techniques de « biohacking ».
ZDNet le 30/11/2020
 
DeepMind AI cracks 50-year-old problem of protein folding
Program solves scientific problem in ‘stunning advance’ for understanding machinery of life
The Guardian, Mon 30 Nov 2020
 
First OTC, app-connected COVID-19 test authorized by FDA
Alongside step-by-step instructions, the Ellume COVID-19 Home Test’s accompanying app automatically reports users’ results to the relevant public health authorities.
HIMSS, December 15, 2020
 
DépistageCovid.gouv.fr : laboratoires et lieux de dépistage
 
Arrêté du 21 avril 2020 autorisant le Health Data Hub et la Caisse nationale de l’assurance maladie (Cnam) à collecter un large éventail de données afin de lutter contre l’épidémie de Covid-19
 
Une IA permet de dépister le cancer de la prostate avec un simple test d’urine
Les chercheurs coréens à l’origine de ce modèle d’intelligence artificielle affirment obtenir d’excellents résultats et une précision qui frôle les 100%.
SiècleDigital, le 23/1/2021
Comment ce système est-il documenté ?
Décret du 5 mai 2020 prévoyant la prise en charge par l’assurance maladie obligatoire des frais liés au tests PCR de détection du génome du coronavirus Sars-CoV-2
 
Arrêté du 12 mai 2020 portant modification de la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale (inscription de la détection du génome du SARS-CoV-2 par RT PCR)
 
Décret du 7 juin 2021 modifiant le décret du 1er juin 2021 prescrivant les mesures générales nécessaires à la gestion de la sortie de crise sanitaire
Modalités de mise en oeuvre du passe sanitaire, entrées en vigueur le 9 juin 2021
iXensor lance un autotest sur smartphone pour détecter la présence du Covid-19
Cette startup taïwanaise vient de recevoir le marquage CE-IVD pour Pixotest, la technologie capable de détecter le virus SARS-CoV-2. Grâce à cette certification, l’autotest va pouvoir être commercialisé au sein de l’Union européenne.
SiecleDigital, le 7/6/2021
Prétend au marquage CE diagnostic in vitro
Décret du 18 juin 2021 relatif au traitement automatisé de données à caractère personnel dénommé « Portail Autotest COVID-19 »
 
VIH : une appli d’intelligence artificielle pour faciliter le dépistage
Des chercheurs de l’University College de Londres et de l’Africa Health Research Institute développent une application capable d’interpréter avec précision les résultats des tests de dépistage du VIH, notamment dans les pays à revenu faible ou intermédiaire.
Pourquoi Docteur ? le 21/6/2021
 
Décret du 6 juillet 2021 relatif au traitement automatisé de données à caractère personnel dénommé « Convertisseur de certificats »

Modification par le décret du 7 août 2021
 
Order Catalog Implementation Guide
Guide d’implémentation du partage des catalogues de laboratoires sous FHIR
Programme Ségur Numérique - SUN-ES
Ségur Usage Numérique en Établissements de Santé
 
Cybersécurité
Faille informatique : 700 000 résultats de tests Covid-19 rendus accessibles

Libération, le 31/8/2021
 
Quand les fabricants de tests anti-Covid font tester la fiabilité de... leurs tests
Certains fabricants de tests anti-Covid font le choix d’envoyer des échantillons de leur production à différents laboratoires français. Une démarche non-obligatoire mais qui permet d’avoir une validation supplémentaire avant de les mettre sur le marché. Reportage à l’AP-HP du Kremlin-Bicêtre (Val-de-Marne).
FranceInter, le 19/1/2022
Essais interlaboratoires
[Covid 19] Comment le prometteur outil de BioNTech et Instadeep mêle modélisation biostructurelle et IA pour repérer les variants à risque
Le système d’alerte permettant de détecter au plus tôt les variants à haut risque du SARS-CoV-2 présenté le 14 janvier par InstaDeep et BioNTech combine intelligence artificielle et modélisation biostructurelle. Baptisé Early Warning System, il a identifié au cours de l’an passé 12 des 13 variants mis sous surveillance par l’OMS, en moyenne deux mois avant leur signalement, revendiquent ses concepteurs.
IT veille technologique, le 20/1/2022
 
Carte interactive des pharmacies délivrant des autotests
Assurance Maladie
 
Autopsie d’un piratage : Cyberattaque au CH d’Arles
Dans la nuit du 1er au 2 août 2021, l’équipe du laboratoire biologique du centre hospitalier d’Arles appelle l’ingénieur informatique d’astreinte pour lui signaler des difficultés de connexion. Pour mieux comprendre, l’ingénieur se rend sur place...
What’s up Doc, 16 août 2022
 
Antibiogo : une application révolutionnaire pour lutter contre la résistance aux antibiotiques
Médecins sans frontières, juin 2022
 
Décret du 31 juillet 2023 relatif à la transmission obligatoire de données individuelles à l’autorité sanitaire et à la création du traitement de données à caractère personnel « LABOé-SI »
 
Décret du 2 août 2023 relatif à la liste des maladies devant faire l’objet d’un signalement en application de l’article L. 3113-1 du code de la santé publique
 
Table Nationale de codage de Biologie
Ameli, Assurance Maladie
 
VitaDX facilite la détection les cancers de la vessie grâce à l’intelligence artificielle
Avec VisioCyt, son logiciel capable d’analyser les cellules d’un échantillon d’urine, VitaDX entend apporter un soutien aux praticiens, et leur permettre d’être plus efficaces dans la détection des cancers de la vessie.
L’UsineNouvelle, le 10/11/2022
Cytologie
Décret du 29 novembre 2022 relatif aux conditions de prescription de certains examens de biologie médicale et de communication de leurs résultats par les conseillers en génétique
 
Deep learning identifies morphological patterns of homologous recombination deficiency in luminal breast cancers from whole slide images
Cell Reports Medicine, Volume 3, issue 12, 100872, December 20, 2022
 
Amazon Omics, le futur de l’analyse des données médicales ?
Le géant de l’e-commerce souhaite aider les chercheurs à gagner du temps avec son nouveau service cloud.
SiecleDigital, le 3/1/2023
 
Human feces and urine contain a motherlode of health data: ’Smart toilets’ detect daily fluctuations, serious disease
MedicalXpress, March 1, 2023
 
AlphaFold 3 : Google a-t-il créé le ChatGPT de la biologie ?
Google DeepMind présente dans la revue scientifique Nature AlphaFold 3, la dernière version de son modèle d’IA spécialiste de la biologie moléculaire. Celui-ci est capable de prédire la structure d’une protéine et désormais ses interactions avec d’autres molécules (ADN, ARN...). En parallèle, l’entreprise met à disposition des chercheurs un outil gratuit permettant d’accéder plus facilement et rapidement à ce modèle.
La Tribune, le 8/5/2024
 
Une entreprise américaine d’analyse ADN se fait pirater des millions de données
Une entreprise spécialisée dans les tests ADN a été condamnée à 400.000 euros d’amende après une énorme faille de sécurité. Les noms, numéros de sécurité sociale et coordonnées bancaires de 2 millions de personnes avaient été piratés.
BFMtv, le 23/02/2023
 
Glytec expands partnership with Roche for hospital diabetes management
The partnership aims to raise patient safety, boost cost-effectiveness and improve care by combining Glytec’s software with Roche’s system.
MobiHealthNews, August 29, 2024
 
NCBI
The National Center for Biotechnology Information advances science and health by providing access to biomedical and genomic information.
 
Cartographie des services numériques de santé
DGOS
 
French GenAI drug discovery startup DeepLife raises $10m as it mulls US relocation
DeepLife is building a platform to create « digital twins » of cells
sifted, December 11, 2024
 
Mesure de glycémie sans piqûre : l’ANSM et la DGCCRF alertent sur les risques pour la santé des montres, bagues ou autres moniteurs connectés
La Direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes (DGCCRF) et l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) alertent les consommateurs sur la vente d’appareils affirmant mesurer la glycémie par simple contact avec la peau. Ces appareils sont trompeurs car ils ne peuvent pas donner de valeurs de glycémie fiables, mettant ainsi en danger la santé des personnes diabétiques.
ANSM, le 31/3/2025
 
23andme confirme le vol de données lié aux tests ADN de 6,9 millions d’utilisateurs
Peu de données sont plus sensibles que l’ADN. Pourtant, les tests ADN récréatifs sont monnaie courante. 23andme, l’un des pionniers du secteur, est le premier à connaître une compromission d’envergure avec le vol désormais avéré de données concernant au moins 6,9 millions d’individus.
L’UsineDigitale, le 5/12/2023
 
Laboratory Order
EHDS Logical Information Models
 
Laboratory Report
EHDS Logical Information Models
 
Document en français
Rapport d’étude : Objets Connectés et LBM, opportunités ou enjeux ?
Société Française d’Informatique de Laboratoire, janvier 2017
Document en anglais
World Health Organization Model List of Essential In Vitro Diagnostics
First edition, 16 – 20 April 2018
Document en français
Information de « logiciovigilance » de Medasys aux utilisateurs des logiciels Halia* et DxLab* en cas de mise à jour automatique des environnements
Courrier relayé le 7 août par l’ANSM
Document en anglais
Framework for FDA’s real world evidence program
FDA, December 2018
Document en français
Accréditation versus certification : bis repetita
(...) l’accréditeur national ne doit pas concurrencer les organismes d’attestation de la conformité.
La lettre du Cofrac, avril 2008

ISO/CEI 17011
ISO 17025
ISO 15189
ISO 9001
Document en anglais
The use of antibody tests for SARS-COV-2 in the context of Digital Green Certificates
European Centre for Disease Prevention and Control
10 May 2021
Document en français
Note d’Orientation
CLIO Santé Janvier 2012
Comment déployer la prescription électronique
Document en français
Stratégie de déploiement des tests, traçabilité des contacts et mesures d’isolement et de mise en quatorzaine
Projet de circulaire
Minitère des Solidarités et de la Santé, Ministère de l’Intérieur
Document en français
Référentiel des critères pour intégrer le catalogue de Mon espace santé
Juillet 2022

Référencement
Document en français
Pour un système d’information au service d’une politique cohérente de lutte contre l’épidémie
Comité de contrôle et de liaison Covid-19
Avis du 15 septembre 2020
Document en français
Certificats de rétablissement obtenus avant mise en place du QR code
Message DGS-URGENT du 29/7/2021
Document en français
Rapport sur l’Application des LFSS
Cour des comptes, octobre 2021
Chapitre VIII : La dématérialisation des prescriptions médicales : un facteur d’efficience du système de santé, des chantiers ambitieux à faire aboutir
Document en français
Cybersécurité des Dispositifs Médicaux Intégrant du Logiciel Au cours de leur Cycle de Vie
ANSM (Lien non faisable !), septembre 2022
Document en français
Rapport national de la surveillance semi-automatisée des infections du site opératoire en chirurgie
Données 2020 et 2021
Réseau de Prévention des Infections Associées aux Soins
Document en français
Les informations Orphanet sur le dépistage néonatal sont en ligne !
orphanews.org, le 26/5/2023
Document en français
Instruction du 23 juillet 2024 relative au lancement opérationnel du programme HOP’EN 2 pour soutenir l’atteinte de cibles d’usage des services socles des établissements de santé
Document en français
Fiche « Logiciels médicaux » d’UniHA
Septembre 2024
Document en français
Les nouveaux accès, les nouveaux besoins : état des lieux des évolutions technologiques, du panel aux tests fonctionnels en passant par le génome
Pr Stanislas LYONNET, Journées de l’Agence de Biomédecine, le 12/10/2023
Document en français
Ateliers de concertation de l’étude SNOMED CT
Atelier 2 – Cas d’usage des ressources sémantiques
ANS, 4 décembre 2020
Anatomie, médicament, oncologie, microbiologie
Document en anglais
PFMG2025–integrating genomic medicine into the national healthcare system in France
Integrating genomic medicine into healthcare systems is a health policy challenge that requires continuously transferring scientific advances into clinics and ensuring equal access for patients. France was one of the first countries to integrate genome sequencing into clinical practice at a nationwide level, with the ambition to provide more accurate diagnostics and personalized treatments. Since 2016, the French government has invested €239M in the 2025 French Genomic Medicine Initiative (PFMG2025) which has so far focused on patients with rare diseases (RD), cancer genetic predisposition (CGP) and cancers. PFMG2025 has addressed numerous challenges to set up an operational organizational framework. As of December the 31st 2023, 12,737 results were returned to prescribers for RD/CGP patients (median delivery time: 202 days, diagnostic yield: 30.6%) and 3109 for cancer patients (median delivery time: 45 days). PFMG2025’s future priorities encompass ensuring economic sustainability, strengthening links with research, empowering patients and practitioners, and fostering collaborations with European partners.
The Lancet Regional Health - Europe
Available online 6 January 2025
Document en anglais
Learning the fitness dynamics of pathogens from phylogenies
Nature, 637, pages 683–690 (2025)
Published: 1 January 2025
Document en français
Note à l’attention du Comité Stratégique du Système National des Données de Santé
Objet : définition d’un socle de données commun aux entrepôts de données de santé hospitaliers
HDH, 25 septembre 2023
Document en français
Systèmes de mesure du glucose interstitiel, couplés ou non à une pompe à insuline, et systèmes de boucle semi-fermée pour la gestion automatisée du diabète
Evaluation technologique
HAS, le 23 juillet 2024
Ressources en relation avec l’antibiothérapie 
Biologiste 
LifeLabs, le plus grand fournisseur de tests en laboratoire du secteur de la santé au Canada, a été la cible d’une fuite de données massive qui a exposé les informations personnelles et médicales d’environ 15 millions de Canadiens.

Dans un communiqué publié sur son site internet, LifeLabs a révélé qu’un attaquant non identifié avait eu un accès non autorisé aux systèmes de l’entreprise le mois dernier et volé les informations clients suivants :
   Nom
   Adresse postale
   Adresse mail
   Identifiant de connexion
   Mot de passe de leur compte LifeLabs
   Date de naissance
   Numéro de sécurité sociale
   Résultats d’analyse

LifeLabs a choisi de payer une somme non divulguée à l’attaquant afin de récupérer les données dérobées.

L’entreprise a détecté la fuite de données fin octobre mais n’a pas précisé comment l’attaquant avait pu s’introduire dans ses systèmes. Elle a déclaré que les données impactées remontaient jusqu’à 2016 pour 85 000 clients et que les clients concernés seront contactés prochainement. Les autorités canadiennes ont été averties et poursuivent l’investigation, qui permettra peut-être d’identifier le nom du programme malveillant utilisé ainsi que les attaquants à l’origine de la cyberattaque.

Etant donné que la fuite de données a notamment révélé des identifiants et mots de passe, les clients concernés ont pour consigne de changer le mot de passe de leur compte LifeLabs.

Pour rappel, si vous êtes victimes de rançongiciels, il est recommandé de ne jamais payer les rançons...

Cyberveille, janvier 2020
 
Le 26 juin, l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) a émis un avis de sécurité concernant la mise à jour du logiciel FluoroSoftware IVD de la société Hain Lifescience, qui produit des réactifs de diagnostic in vitro dans le domaine des maladies infectieuses. La mise à jour a provoqué des « interruptions prématurées » des programmes PCR, selon l’ANSM, qui invite les utilisateurs à procéder à une nouvelle installation du système FluoroSoftware IVD version 1.3.1.5.0.22.
TICpharma le 28/6/2019
 
XX. Tests virologiques et sérologiques 
L’application StopCovid est déployée en France depuis ce jour. Cette application est un outil complémentaire au contact-tracing réalisé par les médecins, l’Assurance Maladie et les Agences Régionales de Santé et s’inscrit dans la stratégie de déconfinement. L’objectif est d’identifier, de tester et d’isoler rapidement les personnes-contacts à risque afin de casser le plus rapidement possible les chaines de transmission.

L’application permet, de manière anonyme, aux utilisateurs d’être informés s’ils ont été exposés à un malade confirmé également utilisateur de StopCovid.

Lorsqu’un utilisateur se déclare positif en scannant ou saisissant dans son application le QR code disponible sur le compte rendu des résultats biologiques, cet utilisateur pourra saisir sa date de début des symptômes afin de déterminer la période prise en compte pour notifier son historique de contacts bluetooth. En fonction de ce que l’utilisateur aura indiqué, cette période débutera à partir de :

- 48h avant la date de début des symptômes ;

- 7 jours avant la date de déclaration en tant que positif au COVID-19, en l’absence de symptômes ;

- 14 jours avant la date de déclaration en tant que positif au COVID-19 si la personne ne connaît pas la date de début des symptômes ou ne donne pas d’information.

Dans l’application, seront identifiés comme contacts à risque les personnes dont le téléphone est situé à moins d’1 mètre du téléphone d’un cas confirmé et pendant au moins 15 minutes. Cette définition, destinée à un usage numérique est moins sensible que celle utilisée dans le cadre du contact-tracing classique. De plus, l’application ne permet pas de fournir à l’utilisateur la date de contact pour des questions de confidentialité du cas index.

Procédure à suivre pour les contacts identifiés par « StopCovid »

Cette application ne se substitue pas au circuit « classique » du contact-tracing et d’investigation des cas par les niveaux 1 (médecins) et 2 (Assurance Maladie), et il est possible que des personnes-contacts soient signalées dans les deux dispositifs, classiques et numériques. Dans le cas d’une notification dans les deux systèmes (« classique » et par « Stop-Covid »), la prise en charge s’effectue dans le cadre du dispositif de contact-tracing classique.

Les médecins resteront en première ligne pour la prise en charge des personnes-contacts identifiées par l’application StopCovid. Les personnes qui recevront une notification d’exposition à un risque de contamination seront invitées à se rapprocher de leur médecin traitant qui devra évaluer le niveau de risque et leur indiquer la procédure à suivre :

- Lors de l’entretien avec cette personne, vous pourrez évaluer avec elle son état de santé et son niveau de risque. En cas de symptômes évocateurs de COVID-19, il convient de considérer cette personne comme un cas possible et de lui prescrire un test diagnostique et les mesures d’isolement ad hoc.

En l’absence de symptômes, en accord avec la définition de Santé publique France, la personne n’est pas considérée comme contact à risque, si elle a adopté l’une des mesures de protection suivantes :

a. Utilisation d’un hygiaphone ou autre séparation physique (vitre) durant ses interactions avec toute personne hors de son foyer, en particulier dans des commerces ou des établissements recevant du public ;

b. Utilisation systématique d’un masque chirurgical ou FFP2 par la personne dans l’espace public en particulier dans les transports ou sur son lieu de travail ;

c. Utilisation d’un masque grand public, fabriqué selon la norme AFNOR ou équivalent, porté par le patient ET toute autre personne pendant la durée et à la distance considérés comme à risque.

- Si le médecin considère que la personne un contact à risque, les mesures suivantes lui seront indiquées :

d. Prescription d’un test virologique à J7 de la notification comme contact par StopCovid

e. Prescription de masques chirurgicaux

f. Mise en quatorzaine à partir de la date de notification comme contact à risque

g. Consultation du médecin en cas d’apparition de symptômes dans les 14 jours suivant la notification.

Vous pourrez trouver plus d’information sur Stopcovid : www.economie.gouv.fr/stopcovid
Mail de la DGS du 2/6/2020